Les études des milieux naturels ont pour objectif de déterminer l'impact causé par le projet sur les habitats naturels et les espèces, en particulier sur les zones de marais (Marais Poitevin et Marais de Rochefort).

Ces deux grands ensembles ou entités, séparés, aux écosystèmes complexes, riches et diversifiés (canaux plus ou moins larges, fossés connectés ou interconnectés, prairies humides et inondées…) s'étendent jusqu'au littoral, et jusqu'à la rive droite de la Charente pour le marais de Rochefort.

Une partie de ces grandes zones humides est proposée en zone Natura 2000.

Dans un premier temps, les Directions Régionales de l'Environnement des PAYS DE LA LOIRE et de POITOU-CHARENTES ont fourni les zones d'inventaires et réglementaires couvrant tout le secteur d'étude ainsi que les abords pour tenir compte des connexions et inter-connexions:

Les inventaires comprennent :

• les zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) de type I et II, inventoriées en 1984 et récemment remises à jour pour le compte du Ministère de l'Environnement. Les ZNIEFF type 1 sont caractérisées par leur intérêt biologique remarquable ; les ZNIEFF type 2 sont des grands ensembles naturels riches et peu modifiés.

Les ZNIEFF, par elles-mêmes, n'impliquent aucune contrainte juridique. Cependant la loi paysage du 8 janvier 1993 a donné un caractère opposable au respect de la protection des espèces protégées des ZNIEFF à condition qu'elles soient citées dans les plans d'occupation des sols.

• les zones d'importance communautaire pour les oiseaux

(ZICO) et les pré inventaires ayant servi à la proposition de sites d'intérêt communautaire. Ces zones ont été délimitées conformément aux directives européennes n° 79/409 du 2 avril 1979 et n° 92/43 du 21 mai 1992. Il ne sont pas opposables aux tiers.

A l'intérieur de ces inventaires, différents périmètres de protection sont définis ou sont en projet :

• zones de protection spéciale (ZPS), incluses dans les ZICO et délimitées au titre de la directive "oiseaux" (n° 79/409),
• zones spéciales de conservation (ZSC) qui seront désignées parmi les sites d'intérêt communautaire (SIC) actuellement proposés par la France à la Communauté Européenne au titre de la directive "habitats" (n° 92/43).

Ces deux zones constitueront le réseau "Natura 2000". L'objectif ce ces zones est de maintenir ou rétablir dans un état de conservation favorable les habitats naturels et les espèces de faune et flore sauvages d'intérêt communautaire. Les protections et prescriptions figurant dans les deux directives européennes sont opposables aux tiers.

Dans ces sites, les différents partenaires concernés doivent rechercher le maintien des activités existantes avec des modes d'exploitation conciliant le maintien du patrimoine biologique.

Tout projet en interface avec les sites NATURA 2000 doit faire l'objet d'un dossier d'incidences pour déterminer l'importance de l'impact du projet.

Ces renseignements, superposés au fuseau, ont permis d'obtenir une vision d'ensemble des secteurs pouvant apparaître comme sensibles.

En parallèle, il a été fait appel à deux bureaux d'études pour prospecter et analyser les territoires traversés :

• CERA pour les études batrachologique et herpétologique
• GEREA pour la flore et la faune (sauf amphibiens et reptiles), la synthèse sur l'ensemble étant faite par ce dernier.

Ces études commencées en février et mars 2001 doivent se poursuivre sur une année, afin d'obtenir des données sur un cycle biologique complet et conforter l'analyse effectuée.

Pour mener à bien ces études, 4 grands types d'approche on été mis en œuvre :

• la collecte de documents (bibliographie apportant des renseignements utiles pour l'état des lieux ou l'analyse des enjeux, documents DIREN…),
  • l'analyse des photographies aériennes afin de :
  • dresser une carte de l'occupation du sol,
  • localiser les observations terrain,
  • identifier les potentialités de différents secteurs.
• la consultation d'experts informateurs (Muséum d'Histoire Naturelle, Fédérations de Chasse, Fédérations de Pêche et association naturalistes…).
• les observations de terrain avec une première visite pour repérage des zones à prospecter, puis des visites plus approfondies à différentes périodes, en axant particulièrement les recherches sur les secteurs jugés les plus intéressants au niveau des habitats potentiels.

Les habitats sont étudiés et hiérarchisés selon la diversité et l'importance des espèces (faune, flore) rencontrées ou signalées et les capacités potentielles d'accueil. Les fonctions de cet habitat sont également prises en compte (corridor biologique, zone de reproduction, zone d'alimentation…).

Toute la faune est prise en compte : les insectes, pour certaines espèces, sont capturés au filet à papillons ; les reptiles sont recherchés sur la route (reptiles écrasés) et dans les lieux spécifiques d'observation (voie ferrée et abords) ; les batraciens sont détectés visuellement ou par écoute ; l'avifaune et les mammifères font l'objet d'observations et de détections de traces.